Sistem Rumah merupakan pendekatan yang diperkenalkan oleh Bahagian Sekolah, Kementerian Pelajaran Malaysia sebagai langkah menghasilkan modal insan yang serba boleh bagi menyahut cabaran era globalisasi. Sistem ini telah lama diamalkan di Sekolah Berasrama Penuh (kumpulan premier), namun pada tahun 2004, sistem ini telah dilaksanakan sepenuhnya di semua Sekolah Berasrama Penuh. Ini merupakan langkah proaktif Sektor Sekolah Berasrama Penuh untuk mencapai misi dan matlamat SBP seterusnya merealisasikan Falsafah Pendidikan Kebangsaan.
Di SEMESRA, pelajar putera dan puteri masing-masing dibahagikan kepada empat buah "Rumah" yang diberi nama bersempena nama empat Undang Luak Negeri Sembilan, yang turut diindikasi oleh warna:
- Kelana Petra (Biru)
Kelana Petra - Akhirul Zaman (Merah)
Akhirul Zaman - Johan Pahlawan (Hijau)
Johan Pahlawan - Lela Maharaja (Kuning)
Lela Maharaja
Setiap pelajar dalam setiap rumah bertanggungjawab untuk menyumbangkan mata kepada rumah masing-masing, dan bertanggungjawab untuk mengelakkan daripada mata rumah ditolak atas sebab masalah disiplin. Kesemua ini akan menyumbangkan mata kepada setiap rumah, dan rumah yang mengutip mata tertinggi pada akhir tahun tersebut akan diberi anugerah rumah terbaik. Aspek yang dinilai dalam pemarkahan Sistem Rumah adalah berdasarkan aspek berikut:
- Akademik
- Kokurikulum
- Sahsiah
- 3K ( Keselamatan, Kebersihan dan Keceriaan)
Sistem Rumah ini menggalakkan semangat kerjasama dan perpaduan di kalangan pelajar putera dan puteri yang berada di rumah yang sama terutamanya dalam persaingan permainan, sukan olahraga, kebersihan (3K), akademik, bahas dan sebagainya.